Der 30-jährige Krieg mit 20-jähriger Besetzung durch die Schweden, sowie Durchzug und Plünderungen der evangelischen und katholischen Truppen und viele Truppendurchzüge im 18. Jahrhundert, z. B. während des siebenjährigen Krieges, festigten die zunehmende Verarmung der Stadt. Als diese 1803/06
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Gotisches Maßwerk in romanischen Rundbögen: Marienkirche Dortmund.
ihre Reichsfreiheit verliert, setzt ein allgemeines Kirchensterben im Zuge der Säkularisation ein. Durch die gleichberechtigte Aufnahme der evangelisch-reformierten Gemeinde 1810 konnte St. Marien in seiner Existenz bestehen.

Nachdem 1805 schon der Nordturm wegen Baufälligkeit abgetragen wurde, galt 1828 die ganze Kirche als baufällig und wurde bis auf weiteres geschlossen. Der evangelischen und lutherischen Gemeinde wurde der freie Mitgebrauch der Reinoldikirche eingeräumt. Am 31.3.1833 entschied der preußische König Friedrich Wilhelm III. den Abriss der Kirche, die diesem Schicksal nur dadurch entging, dass auf Bitten eines Kirchmeisters und eines Presbyters während eines Besuches des Kronprinzen noch im Oktober des selben Jahres, dieser die Entscheidung seines Vaters aufhob.

Im Mai 1839 wurde die Kirche mit einem Festgottesdienst wieder in Dienst gestellt. Die Restaurierungsarbeiten nahmen aber unvermindert ihren Fortgang, weil z. B. noch im selben Jahr ein Teil des Turmes beschädigt war. Erst 1882 waren die Arbeiten abgeschlossen.